Vuonna 1821 kirkko laajeni kellotapulilla ja sen kirkkoon yhdistävällä käytävällä. Tällöin rakentajamestarin pesti oli annettu Jaakko Klementinpoika Leppäsen pojanpojalle Erkki Jaakonpoika Leppäselle. Laajennustöiden yhteydessä kirkon sisäänkäynti siirtyi nykyiselle paikalleen tapulin pohjoispuolelle ja samalla kirkon ikkunoita suurennettiin. Aiemmin mainittu ikkunalasien paikan vaihtuminen osuu niinikään 1800-luvun uudistusten aikaan, kun kirkon sisäosia sekä järjestystä uudistettiin.
Vuonna 1879, Petäjäveden vanha kirkko jäi kuitenkin pois käytöstä. Tuolloin Kirkkolahden vastarannalle rakennettiin uusi kirkko, jonka keltainen torni näkyy puiden takaa läheisen pysähdyspaikan parkkialueelle. Kirkot sijaitsevat vain muutamien satojen metrien päässä toisistaan.
hautausmaa on ollut toiminnassa vielä 2000-luvulla
Uuden kirkon rakentamisen myötä vanha kirkko oli tarkoitus purkaa, mutta jostain syystä nämä suunnitelmat jäivät toteutumatta. Hautausmaa jäi käyttöön ja kirkonkellot paikoilleen kellotapuliin. Mielenkiintoista on, että hautausmaa on ollut toiminnassa vielä 2000-luvulla. Vuosien 1729–2009 välillä kirkon hautausmaahan on haudattu yli 9000 vainajaa.